Продолжительность заболевания HFMD обычно составляет менее недели, а в более тяжелых случаях она может быть больше недели. Большинство людей с HFMD болеют в легкой форме, и в большинстве случаев заболевание длится менее недели. Течение HFMD начинается с лихорадки, но у некоторых детей HFMD может не начинаться с лихорадки, так как симптомы заболевания слабо выражены, а проявляться болью в горле и красной папулезной сыпью и герпесом на руках и ногах. За началом лихорадки обычно следует боль в горле и сыпь на руках и ногах в течение 1-2 дней. В течение 2-4 дней после появления сыпи она может постепенно увеличиваться, при этом пик сыпи обычно приходится на третий или четвертый день. После того как сыпь достигнет своего пика, она постепенно спадет, обычно примерно через три дня. Общая продолжительность заболевания HFMD составляет менее недели. При тяжелых симптомах HFMD лихорадка может держаться до пятого или шестого дня болезни, сыпь может стихать дольше из-за большого количества высыпаний и герпеса, а в тяжелых случаях могут наблюдаться энцефалит ствола мозга, менингит, нарушение дыхания и вялость конечностей, в этом случае болезнь обычно длится более недели.