Аутоиммунный энцефалит — это воспалительное заболевание центральной нервной системы, связанное в основном с аутоиммунной реакцией, которая возникает главным образом потому, что иммунная система пациента «не различает врага и себя» и принимает собственную ткань мозга за чужеродные антигены, создавая специфическую «атаку» на собственную ткань мозга. «Специфические антитела и иммунная атака на ткани мозга могут быть индуцированы инфекцией и в конечном итоге запустить процесс воспаления тканей мозга. Патогенетический механизм неизвестен, и в меньшей степени он может быть связан с предрасполагающими факторами, такими как опухоли и инфекции, включая тератомы, опухоли (паранеопластический синдром) и вирус простого герпеса/микоплазмы/стрептококковые инфекции.