Заболеваемость и смертность пациентов с тяжелым энцефалитом, вызванным анти-N-метил-D-аспартатными рецепторами (NMDAR), составляет от 2,9% до 9,5%. Заболеваемость и смертность пациентов с энцефалитом, вызванным анти-LGI1 антителами, составляет 6%. Различные типы аутоиммунного энцефалита, ассоциированного с антителами, вызывают различные участки поражения центральной нервной системы и различаются по тяжести заболевания и прогнозу, при этом средний уровень смертности составляет примерно 6%.