Единственным клиническим методом лечения кист жаберной щели является хирургическое удаление, но выбор зависит от размера кисты. Хирургическое лечение кисты жаберной щели в основном заключается в иссечении, которое позволяет непосредственно удалить увеличенную кисту. Этот метод больше подходит для пациентов с большими кистами. Если киста относительно небольшая, ее можно временно наблюдать без специального лечения. Если пациентам с кистой жаберной щели необходимо провести хирургическую резекцию, то резекция должна проводиться по направлению дерматоглифики, для пациентов, у которых образовался свищ, перед операцией необходимо провести фистулографию, выяснить тяжесть заболевания, после понять состояние, а затем выбрать поперечный разрез в форме пики, краниальная трубка будет полностью удалена, а затем расширить резекцию, что может снизить частоту рецидивов. После операции по удалению кисты жаберной щели рекомендуется регулярно посещать больницу для обследования. Если в течение короткого периода времени возникнет инфекция и воспаление, следует принимать пероральные антибиотики по назначению врача для снятия воспаления, например цефиксим, цефуроксим и так далее.