Наиболее распространенным местом локализации эндометриоза являются яичники, а также маточно-крестцовая связка, ректо-маточная борозда, нижняя задняя стенка матки и тазовая брюшина. При локализации поражения в яичниках обычно можно увидеть одиночные или множественные кисты разного размера, на одном или обоих яичниках. Эти кисты также известны как шоколадные кисты яичников, поскольку они содержат старую кровь и по консистенции напоминают шоколад. Они также являются причиной бесплодия из-за повторяющихся кровотечений внутри кист во время менструального цикла, что предрасполагает их к некоторой воспалительной реакции и фиброзным спайкам с окружающими тканями таза. Если поражение расположено в заднем своде влагалища, оно часто сопровождается различными клиническими проявлениями, такими как болезненный половой акт и болезненные узелки при пальпации. Также болезнь в некоторых редких случаях возникает в прямой кишке, мочевом пузыре, аппендиксе и даже в легких.