Язвы на основании языка обычно имеют две причины. Одна из них — травматическая язва на основании языка. Эти язвы часто возникают у младенцев и маленьких детей с коротким языком. Когда эти дети начинают прорезываться, зубы, появляющиеся из-за короткого языка, часто вгрызаются в соответствующую часть основания языка, и со временем образуются травматические язвы, которые трудно заживают. В этом случае можно рассмотреть вопрос об удлинении связки языка, и после удлинения связки языка язва может значительно уменьшиться. Кроме этого конкретного вида травматической язвы, язва основания языка также является язвой полости рта, но она является частью язвы полости рта и, как и язва полости рта, ее причина неясна. К ним относятся иммунные факторы, недостаток питания, гормональная регуляция, психологические факторы, инфекции и даже генетические факторы — все они являются причинами язв во рту и, конечно, язв основания языка.