Хронический энтерит также может быть канцерогенным, в основном из-за повторяющегося воспалительного раздражения кишечного тракта, приводящего к образованию язв в слизистой оболочке кишечного канала, и в конечном итоге к локализованным язвам и карциноме, а также усилению болей в животе с кровью в испражнениях и значительной анемией. По мере прогрессирования опухоли у пациента также может развиться кишечная непроходимость, а злокачественные опухоли склонны к инвазии в соседние органы или вторичной кишечной непроходимости и перитонеальным метастазам в брюшную полость, что приводит к асциту. Поэтому пациентов с хроническим энтеритом следует лечить систематически и проводить колоноскопию. При наличии язвы или атипичной гиперплазии следует провести операцию по удалению пораженного сегмента кишечника, а в некоторых случаях назначить химиотерапию.