Эндометриоз вызывает боль во время менструации, в основном потому, что эндометрий отторгается одновременно с менструацией, что также вызывает местное кровотечение из эктопического очага и, следовательно, вызывает боль в нижней части живота во время менструации, которая постепенно усиливается. Боль в нижней части живота после менструации также может возникать, хотя боль может уменьшаться. Основной причиной боли после менструации является то, что длительный эндометриоз может привести к образованию спаек, которые могут снизить эластичность этой области и, следовательно, вызвать боль после менструации. При наличии очагов эндометриоза, вызывающих образование шоколадных кист в яичниках, рекомендуется активное хирургическое вмешательство.