Основными заболеваниями, которые могут вызвать анальную лейкоплакию, являются витилиго и перианальный склерозирующий мох. Точный патогенез заболевания до сих пор неясен и может быть связан с генетическими, эндокринными и аутоиммунными факторами или с плохими привычками повседневной жизни, такими как отсутствие гигиены перианальной области.