Большинство небольших мезенхимальных опухолей ЖКТ (<2 см в диаметре) считаются доброкачественными, но мезенхимальные опухоли ЖКТ в настоящее время считаются опухолями со злокачественным потенциалом, то есть они могут перерасти в злокачественные опухоли, или рак, поэтому после постановки диагноза их необходимо удалить хирургическим путем, если это возможно. При неметастатических мезенхимальных опухолях желудочно-кишечного тракта полная и тщательная хирургическая резекция может вылечить болезнь у некоторых пациентов, но у некоторых пациентов после операции все еще могут наблюдаться рецидивы и метастазы, поэтому пациенты должны регулярно наблюдаться после операции и следовать рекомендациям врача для регулярного пересмотра. На сегодняшний день не существует определенной профилактики этого заболевания, и регулярные медицинские осмотры позволяют выявить заболевание на ранней стадии.