В большинстве случаев боли в животе вызваны гиперактивностью кишечника, наличием воспаления и дисбалансом флоры, которые также являются основными факторами, вызывающими диарею. Боли в животе и диарея чаще всего сосуществуют и в основном вызваны наличием заболеваний в кишечной системе. У некоторых людей боль в животе вызвана дисфункцией кишечника и гиперперистальтикой, которая сопровождается диареей, поскольку перистальтика происходит слишком быстро, и содержимое кишечника также быстро выводится во время перистальтики. При воспалении слизистой оболочки кишечника выделяются факторы воспаления, вызывающие боль в животе из-за раздражения гладкой мускулатуры кишечной стенки. Продукты метаболизма вредных бактерий при их избыточном размножении могут вызывать боль в животе из-за раздражения кишечной стенки, а вредные бактерии также могут стимулировать перистальтику кишечника и влиять на кишечное всасывание, тем самым вызывая диарею.