И беременность, и гастроэнтерит могут вызывать тошноту, рвоту и анорексию. В подавляющем большинстве случаев тошнота, рвота и анорексия, вызванные беременностью, относительно сильно проявляются по утрам, тогда как желудочно-кишечные реакции, вызванные гастроэнтеритом, могут возникать в любое время суток. Кроме того, беременность будет иметь четкую историю менопаузы, тогда как гастроэнтерит не обязательно имеет историю менопаузы. Гастроэнтерит может вызывать дискомфорт или боль в нижней части живота или желудка, тогда как обычная беременность не вызывает боли. Дифференциальный диагноз можно провести с помощью анализа крови или анализа мочи на ХГЧ, который может быть положительным при беременности, но не при воспалении желудочно-кишечного тракта, которое может быть положительным при анализе кала.