Большинство анальных свищей не становятся раковыми после длительного клинического наблюдения, но очень небольшое количество анальных свищей может стать раковыми. Причинами этого являются: (1) Длительная хроническая воспалительная стимуляция иногда приводит к неоднородной пролиферации тканей, и дальнейшее развитие может привести к злокачественной трансформации. (2) Некоторые бактериальные инфекции, такие как инфекция Pseudomonas aeruginosa или Mycobacterium tuberculosis, могут привести к раку. (3) Длительное и интенсивное использование различных препаратов местного действия может привести к раку. Хотя частота возникновения карциномы невелика, она более вредна, когда возникает. Поэтому анальный свищ следует лечить своевременно, чтобы предотвратить возникновение рака.