Микропенис определяется как половой член, который имеет нормальный внешний вид, но его длина менее 2,5 стандартных отклонений от средней длины для своего возраста, однако авторитетных стандартных эталонных значений не существует. Поскольку этот диагноз является психологическим стрессом для мужчин и обычно серьезно влияет на уверенность в себе, особое внимание следует уделить измерению: держать головку полового члена как можно прямее, чтобы ее длина соответствовала длине полностью эрегированного полового члена, и с помощью измерительной ленты измерить расстояние от передней части лобкового симфиза до кончика головки полового члена.
Многие мужчины с нормальным развитием полового члена часто сравнивают свой половой член с половым членом других мужчин, и если они обнаруживают, что он короче, чем у других мужчин, у них может возникнуть низкая самооценка, страх и они могут обратиться за медицинской помощью. В случае с детьми его нужно оценивать по-другому, в зависимости от их возраста.