Лечение пациентов с коротким половым членом в основном зависит от причины заболевания.
Если короткий половой член вызван ненормальным уровнем гормонов в организме, можно использовать медикаменты для регулирования гормональной ситуации пациента, чтобы способствовать развитию короткого полового члена до нормального уровня. В случаях, когда медикаментозное лечение неэффективно после полового созревания или при наличии комбинации других деформаций полового члена, может быть рассмотрено хирургическое лечение, в основном удлинение полового члена.