Основным основанием для дифференциации синдрома Рейе и септического менингита является исследование спинномозговой жидкости, функциональные пробы печени и биохимические анализы крови.
У пациентов с септическим менингитом при исследовании спинномозговой жидкости часто обнаруживаются воспалительные изменения, тогда как при синдроме Рейе большинство рутинных анализов спинномозговой жидкости и биохимических тестов в норме, за исключением повышенного давления спинномозговой жидкости. Ненормальная функция печени, повышенный уровень аммиака в крови и стеатоз печени часто присутствуют при синдроме Рейе, но этого нет при септическом менингите.