Наиболее распространенными причинами истончения эндометрия являются эндокринные нарушения, инфекции и манипуляции на матке. Эндокринные нарушения включают низкий уровень эстрогена, нарушения овуляции и дефицит гормона роста; острые или хронические инфекции матки могут привести к разрушению базального слоя эндометрия, включая бактериальные инфекции, репродуктивный туберкулез, микоплазменные инфекции и хламидийные инфекции.
Клинические операции, затрагивающие эндометрий, включая кюретаж, гистероскопическую миомэктомию, удаление полипов эндометрия и лапароскопическую миомэктомию, которые проникают в полость матки, могут повредить эндометрий, что приведет к образованию эндометриоидного филтрума и маточных спаек.