Наиболее распространенным патологическим фактором, вызывающим запах из пупка, в основном является умбилицит, за ним следуют экзема или потница пупочной ямки, врожденные заболевания пупка, такие как незакрытый пупок, кисты и свищи. Аллергия, повреждения кожи, воспаления и выделения могут также привести к появлению запаха из-за различий в телосложении или неправильного использования пупочных пластырей.