Исходя из распространенности и хирургического подхода, эмалеобразующие клеточные опухоли необходимо дифференцировать от одонтогенных кератотических кист и других некератотических кист. Некератотические кисты, такие как зубосодержащие кисты, апикальные кисты, остаточные кисты и кисты лицевой щели, имеют определенные характеристики в плане расположения, внутренней структуры и клинической картины, и их несложно отличить от энамелобластомы. Дифференциация между энамелобластомой и одонтогенной кератокистой представляет собой серьезную проблему в дифференциальной диагностике кистозных поражений челюстей из-за сходства места возникновения, морфологии и биологического поведения поражений, а также потому, что лечение этих кист отличается от лечения других некератокист. Энамелобластома более агрессивна, чем кератинизированные кисты, вызывает большее разрушение окружающей кости, чем кератинизированные кисты, и склонна к вторжению в окружающие мягкие ткани. Резорбция корней при эмалевобластомах чаще всего зубчатая или усеченная, что приводит к потере соседних зубов, тогда как резорбция корней при кератокистах чаще косая и реже приводит к потере соседних зубов. Эмалевоклеточные опухоли, как правило, смешанные кистозные и солидные, неравномерно толстостенные, с сосочковыми выступами или пристенными узелками; кератинизированные кисты чисто кистозные и равномерно тонкостенные. Перегородка часто состоит из мягких тканей с небольшим костным компонентом и имеет большую толщину. МР-сигнал кистозной части энамелоплазмомы представлен в основном длинными сигналами Т1 и длинными сигналами Т2, иногда с короткими сигналами Т1, наблюдаемыми при внутрикапсульном кровоизлиянии; сигнал Т2 кистозного содержимого кератинизированных кист значительно ниже, чем у энамелоплазмомы, из-за их насыщенности кератинизированным белком и твердыми кристаллами холестерина, и этот признак считается важным для дифференциации природы кистозной жидкости между этими двумя образованиями. Стенка кисты, ее отделы, сосочки и пристеночные узелки эмалеобразующих кист значительно усиливаются как при КТ, так и при МРТ, тогда как стенка и отделы кератотических кист не усиливаются.