Ранняя диагностика дисбиоза является предпосылкой для правильного и эффективного лечения. Диагностика дисбиоза включает в себя три части: 1. наличие или отсутствие дисбиоза; 2. степень дисбиоза; 3. причина дисбиоза. У пациентов с дисбиозом часто наблюдается тяжелая диарея или хроническая диарея, при применении антибиотикотерапии, если диарея возникает внезапно, или имеющаяся диарея усугубляется, то есть, возможно, имел место дисбиоз. Степень дисбиоза можно разделить на три степени: Ⅰ степень (легкая) — обратимый дисбиоз легкой степени, может восстановиться после устранения причинных факторов, симптомы исчезают, клинически наблюдается при острых заболеваниях, вызванных дисфункцией кишечника; Ⅱ степень (умеренная) дисбиоз более серьезный, устранить причину часто не удается, больше хронических кишечных симптомов; Ⅲ степень (тяжелая) дисбиоз, проявляется в виде чередования флоры или двойной инфекции. Детальное изучение характеристик стула и лабораторные анализы могут выявить некоторые специфические нарушения флоры, такие как Shigella, Salmonella, Campylobacter, Clostridium difficile и ротавирусные инфекции.