Для лечения синдрома мальабсорбции тонкой кишки, вызванного обратимыми факторами, такими как заболевания пищеварительной системы, системные заболевания или хирургические вмешательства, основным лечением является активное лечение исходного заболевания и избавление от причины, избавление от исходного заболевания, чтобы улучшить симптомы пищеварительной мальабсорбции, и в то же время необходимо обратить внимание на собственные пищевые привычки.
При врожденных и приобретенных заболеваниях, для которых не существует идеальных вариантов лечения, может быть оказана поддержка парентеральным питанием; трансплантация тонкой кишки может быть рассмотрена для тех, кто не переносит парентеральное питание.