Гастроскопия, как правило, не заразна, перед гастроскопией проводится обследование на инфекционные заболевания, после гастроскопии инструмент проходит специальную дезинфекционную обработку. Перед проведением гастроскопии врач попросит обследуемого сдать анализ крови, чтобы исключить такие инфекционные заболевания, как вирусный гепатит В, вирусный гепатит С и т. д., а также исключить такие инфекционные заболевания, как СПИД, сифилис и т. д., и если есть люди с этими заболеваниями, то гастроскоп обычно подвергается специальной стерилизации. После этого зеркало помещается в специальную стерилизационную комнату для стерилизации, а простерилизованное зеркало кладется в стерильную тележку, чтобы гарантировать, что один человек и одно зеркало будут доступны для использования обследуемым, так что эта система стерилизации очень совершенна, и обычно не происходит перекрестного инфицирования. Инструменты во всем центре эндоскопии проходят строгую стерилизацию, инфекционные заболевания исключаются до исследования, а инструменты после исследования подготавливаются к полной стерилизации, поэтому при гастроскопии обычно не возникает феномена инфекционных заболеваний.