У младенцев анальный стеноз обычно обнаруживается в возрасте 7-8 месяцев с признаками неполной кишечной непроходимости, такими как вздутие живота, боль в животе и рвота. Небольшое количество младенцев рождается с врожденной анальной атрезией, при которой после рождения не происходит отхождения кала, а затем постепенно появляется кишечная непроходимость низкого уровня, такая как вздутие живота, боль в животе и рвота, при отсутствии нормального отверстия в заднем проходе.