Эндометриоз чаще всего развивается в малом тазу, яичниках и брюшине. При инвазии в нижнюю часть брюшины, вызывающей глубокую эктопию, при внутреннем гинекологическом осмотре возникает локализованная боль в шейке матки и пальпируются узловые эктопические очаги, которые могут вызывать болезненный половой акт, сопровождающийся хроническими болевыми проявлениями, которые могут проявляться и в яичниках. Поскольку смещенные очаги развиваются в яичниках, они могут вызвать развитие шоколадных кист яичников, которые со временем могут повлиять на функцию яичников, изменить менструальный цикл и вызвать дисменорею, влияющую на способность к зачатию. Он также может мигрировать в миометрий, в результате чего матка становится округлой и увеличенной, луковичной и твердой, что не способствует оплодотворению яйцеклетки и может усиливать менструальные боли и оказывать влияние на человека.