В зависимости от причины, прогноз лечения синусовых язв различен. Например, синусовые язвы, вызванные гастритом, могут быть вылечены симптоматическим лечением и имеют хороший прогноз; большинство синусовых язв, вызванных язвой желудка, заживают после регулярного, лечебного лечения и имеют низкий процент рецидивов, в то время как у пациентов с рецидивирующими приступами и длительным течением заболевания риск развития рака выше; пациенты с раковыми язвами на ранней стадии имеют высокий процент излечения, в то время как у пациентов с поздней стадией прогноз плохой, 5-летняя выживаемость составляет менее 10%.