Изоляция HFMD требует проживания отдельно, не в общей комнате, в семье. Если это невозможно, то проживание в общем доме или комнате не является эффективной изоляцией. Вирус, вызывающий HFMD, очень устойчив к внешней среде и может распространяться через загрязнение на руках или через респираторные капли. Еще более сложным для предотвращения является то, что вирус может распространяться путем заражения косвенных объектов. Поэтому трудно добиться эффективной изоляции при совместном проживании. Период изоляции при HFMD длится от начала заболевания до двух недель после появления симптомов, после чего заражение практически не происходит.