Заболевание часто вызывается длительным применением большого количества антибиотиков широкого спектра действия или химиотерапевтических препаратов, что приводит к дисбиозу кишечной флоры и быстрому размножению бактерий Clostridium difficile, которые вырабатывают токсины, вызывающие заболевание, особенно у людей с ослабленным иммунитетом, таких как пожилые люди, пациенты с тяжелыми заболеваниями, химиотерапией или после серьезных операций, у которых риск развития заболевания выше.