После инкубационного периода больной СПИДом вступает в стадию СПИДа, которая может привести к различным инфекциям и даже смерти. На стадии СПИДа количество лимфоцитов CD4 у пациента значительно снижается, в большинстве случаев менее 200, а вирусная нагрузка ВИЧ значительно возрастает. Иммунная система пациента близка к разрушению, и организм практически не сопротивляется внешним патогенам. Независимо от того, какие патогены присутствуют, любой контакт с пациентом может вызвать инфекцию. У пациентов может наблюдаться постоянная лихорадка, ночная потливость, диарея, потеря веса и множество инфекций в различных системах, вызывающих отказ органов или систем, а также вторичные злокачественные опухоли, саркому Капоши и т.д., что в конечном итоге может привести к смерти.