Функциональные запоры у новорожденных обычно вызваны неправильным кормлением, и нет сообщений о генетической связи с функциональными запорами у новорожденных. Напротив, органические запоры у новорожденных обычно связаны с определенными нарушениями, некоторые из которых имеют четкую генетическую предрасположенность, например, врожденный мегаколон — полигенное генетическое заболевание, и аноректальные пороки развития, которые также генетически связаны.