Хронический эпидидимит обычно не представляет угрозы для жизни, но хронические и периодические боли и дискомфорт могут серьезно повлиять на качество жизни пациента. Известно, что хронический эпидидимит приводит к снижению качества спермы. Тяжелый двусторонний хронический эпидидимит может привести к обструкции семявыносящего протока, в результате чего у пациентов развивается обструктивная азооспермия, приводящая к мужскому бесплодию.