Вторичная профилактика является основной основой медикаментозного лечения последствий церебрального тромбоза, который определяется как церебральный тромбоз с симптомами неврологического дефицита после более чем 6 месяцев лечения. Симптомы пациента не улучшаются ни при каком лечении, поэтому используется только симптоматическое лечение и вторичная профилактика. Вторичная профилактика включает антитромбоцитарную агрегационную терапию аспирином или клопидогрелем, аспирин для пациентов без желудочных расстройств или желудочного дистресса, а клопидогрель для пациентов с желудочным дистрессом, которые не переносят аспирин. Пациентов с образованием атеросклеротических бляшек или стенозом лечат аторвастатином или резолвастатином, а пациентов с гипертонией, диабетом и гиперлипидемией — антигипертензивными, гипогликемическими и липидоснижающими препаратами. Если у пациента имеются последствия церебрального тромбоза, вызывающие ригидность конечностей и затрудненное движение, для снижения мышечного тонуса можно назначить баклофен или тизанидин.