Трансплантация гемопоэтических стволовых клеток может быть единственным методом лечения, способным искоренить хронический гранулоцитарный лейкоз. ГСКТ не часто используется при хроническом лимфоцитарном лейкозе из-за возраста пациента и других причин. Медикаментозное лечение как хронического гранулоцитарного лейкоза, так и хронического лимфоцитарного лейкоза более эффективно и может привести к длительному выживанию или даже полному излечению некоторых пациентов, с долгосрочными результатами, сравнимыми с трансплантацией гемопоэтических стволовых клеток и более длительным лечением, и стало основным методом лечения.
Однако важно отметить, что ВСКТ не является методом лечения первой линии и обычно используется только для пациентов, которые не смогли пройти терапию первой линии, находятся в группе высокого риска, имеют рецидив или прогрессирующую стадию, и что ВСКТ также может вызвать такие осложнения, как инфекция, кровотечение и отторжение.