Подавляющее большинство детей с болезнью Кавасаки полностью выздоравливают после лечения, и она не влияет на качество жизни ребенка. В долгосрочной перспективе у детей с болезнью Кавасаки не развивается никаких когнитивных или учебных трудностей, если лечение проводится своевременно и эффективно, без осложнений.