При внутрибольничной пневмонии наиболее распространенными возбудителями по-прежнему являются грамотрицательные бациллы, такие как Pseudomonas aeruginosa, Klebsiella pneumoniae, Escherichia coli, Acinetobacter baumannii, Haemophilus influenzae и др. Грамотрицательные бациллы составляют около 60% от общего числа, и наиболее часто встречаются бактерии с лекарственной устойчивостью, что усложняет лечение. Грамположительные бактерии — не редкость, чаще всего это золотистый стафилококк, среди которых преобладает метициллин-резистентный золотистый стафилококк, а также Streptococcus pneumoniae, энтерококки, коагулазоотрицательные стафилококки и др. У некоторых пациентов могут быть смешанные инфекции, которые могут сочетаться с микоплазмой, хламидиями, легионеллами, анаэробными инфекциями. У некоторых пациентов с внутрибольничной пневмонией иногда может быть сочетание микобактерий туберкулеза или грибковых инфекций, что может сделать их состояние более сложным и тяжелым. Поэтому антиинфекционное лечение внутрибольничной пневмонии должно быть максимально основано на возбудителе, и необходимо подбирать эффективные антиинфекционные препараты.