Диагностика анального синусита основывается главным образом на аноректальной диагностике и аноскопии. При аноректальном осмотре анальный канал обычно сужен, воспаленный анальный синус болезнен при пальпации, с твердыми узелками или углублениями, а иногда и затвердевшими анальными сосочками. При аноскопии можно увидеть, что больной анальный синус переполнен и отечен, углубление в анальном синусе может быть углублено, или из отверстия синуса может вытекать небольшое количество гноя или слизи.