Причинами истончения эндометрия являются системные и местные факторы, при этом системные факторы вызваны эндокринными нарушениями, например, низким уровнем эстрогена.
Местные факторы связаны с повреждением эндометрия, например, множественные аборты. Пороки развития матки также могут быть причиной тонкого эндометрия.