Токсические побочные эффекты фотодинамической терапии могут быть минимальными, а основной побочной реакцией являются фотоаллергические реакции. Однако использование топических фотосенсибилизаторов минимизирует риск системного применения фотосенсибилизаторов, а усиленное воздействие света при использовании топических фотосенсибилизаторов является более целенаправленным для лечения состояний, расположенных на локальной поверхности кожи, таких как кондилома акумината, акне, боуэноподобный папулез и т.д., со значительными результатами. Конечно, существует возможность временного локализованного реактивного отека в месте лечения в течение нескольких дней после лечения, что зависит от конкретного места лечения и состояния, но, как правило, это несерьезно, а побочные эффекты незначительны и легко снимаются обычным лечением, если они возникают. Пациенты в целом восприимчивы.