Основными источниками инфекции лептоспироза являются крысы и свиньи, среди которых чернолинейные цыганские крысы являются основным источником инфекции, вызывающим лептоспироз падди, и лептоспиры в их моче попадают на падди поля, и фермеры легко заражаются при уборке риса. А свиньи из-за тесного контакта с людьми, их моча также содержит большое количество лептоспир, и у свиней длительный период выделений, поэтому они могут загрязнять воду, загоны для свиней влажные и водянистые, также большое количество лептоспир в почве и застойной воде, другими распространенными животными, вызывающими инфекцию, являются собаки и крупный рогатый скот. Хотя больные лептоспирозом также могут выделяться с мочой, но поскольку моча человека кислая, она не подходит для роста лептоспироза. Кроме того, рецессивно инфицированные люди также могут выделять бактерии, но скорость их выделения невелика, поэтому маловероятно, что человек является источником инфекции.