Лечение кист головного мозга включает консервативное и хирургическое лечение.
Консервативное лечение включает физиотерапию для улучшения неврологических симптомов, медикаментозное лечение для контроля эпилепсии, вызванной кистой, и регулярное обследование кисты на предмет ее прогрессирования с помощью компьютерной и магнитно-резонансной томографии (МРТ).
Хирургическое лечение включает краниотомию для лечения эпилептических поражений, краниотомию для лечения кист и создания окна, кисто-абдоминальное шунтирование и неврологическое эндодонтическое создание окна.