Лечение нового криптококкового менингита часто делится на три фазы: фаза индукции, фаза консолидации и фаза поддержания, которая может длиться до одного года и требует отличного соблюдения режима приема лекарств и самодисциплины, чтобы избежать рецидива из-за нерегулярного лечения. Если заболевание плохо контролируется и может рецидивировать, то продолжительность лечения соответственно больше и лечить его сложнее.