Наиболее распространенными патогенными бактериями при неонатальном умбиликулите являются Staphylococcus aureus, а также Staphylococcus epidermidis, Escherichia coli и Klebsiella pneumoniae. Золотистый стафилококк устойчив ко многим антибиотикам и при тяжелых инфекциях может привести к сепсису; кишечная палочка может легко проникнуть в кровоток из пупочной культи и легко привести к сепсису. Поэтому неонатальную пупочную инфекцию следует лечить антибиотиками как можно скорее, иначе она может привести к сепсису, который может быть опасен для жизни.