Побочные эффекты ПЭТ/КТ очень незначительны, побочные эффекты в основном обусловлены излучением радиоактивных ядерных элементов, а из распространенных — аллергией. Само исследование ПЭТ/КТ является неинвазивным исследованием, кроме введения контрастного вещества, других инвазивных вмешательств не будет, его побочные эффекты все же в основном связаны с излучением радиоактивных ядерных элементов, это трассирующий препарат, используемый в исследовании, распространенным побочным эффектом является аллергия, использовать его следует под руководством врача. Клинически используемым препаратом является 18F-FDG, он относится к фтордезоксиглюкозе, доза излучения очень мала, в организме человека может быть принят безопасный диапазон, воздействие очень мало, и распад и выведение чрезвычайно быстро, пить больше воды после обследования может быть вскоре выведен, но потому что он будет метаболизироваться почками, поэтому людям с плохой функцией почек рекомендуется следовать советам врача или не делать.