Ранними симптомами энцефалита у детей являются лихорадка, головная боль, тошнота и рвота, у некоторых пациентов отмечается плохое психическое состояние, вялость и потеря аппетита. У небольшого числа детей болезнь быстро прогрессирует, и существует риск нарушения сознания, сонливости, комы и даже конвульсий в течение короткого периода времени. Детям, у которых диагностирован энцефалит, потребуется люмбальная пункция для уточнения диагноза на основании анализа спинномозговой жидкости. Поскольку существует множество причин энцефалита, включая вирусные, бактериальные, грибковые и туберкулезные, результаты анализов спинномозговой жидкости позволят определить причину и назначить целенаправленное лечение.