Антибиотики для лечения бактерий и для лечения грибков совершенно разные. Наиболее часто используемым антибиотиком в гинекологии для лечения бактерий является метронидазол, который неэффективен против грибков и Lactobacillus, которые существуют как нормальная флора и также естественно устойчивы к метронидазолу, поэтому для вагинита или вагиноза, вызванного анаэробными бактериями, метронидазол является препаратом выбора. Все другие виды антибиотиков, как правило, требуют тщательной оценки и четкой цели применения, если они необходимы для лечения вагинита. Обычно для лечения вагинальных грибковых инфекций используются такие препараты, как дафлюкан и спиронолактон, хотя в качестве вариантов могут применяться и другие противогрибковые препараты, которые обычно неэффективны против обычных бактерий.