Для защиты восприимчивых людей от возникновения инфекции часто используются неспецифические или специфические методы повышения устойчивости населения к заболеваниям. Профилактическая вакцинация живыми (эпидемическими) вакцинами, мертвыми (эпидемическими) вакцинами или токсоидными вакцинами, которые заставляют организм вырабатывать соответствующие антитела, называется активным иммунитетом, а если организму вводят биологические агенты, такие как антитоксин, гаммаглобулин или высокоценный иммуноглобулин, то это называется пассивным иммунитетом. При пассивном иммунитете организм быстро приобретает иммунитет, но он длится не более 1-2 месяцев. Поскольку при SLE сама по себе имеется иммунная дисфункция, особенно в активной фазе заболевания наблюдается сильный иммунный ответ. В случае вакцинации чужеродные белки, выступающие в качестве специфического антигена, могут вызвать иммунный ответ, приводящий к лихорадке, артралгии и даже нефриту и энцефалиту. Вакцинация, включая вакцину против гриппа и противостолбнячный антитоксин, обычно доступна для пациентов с SLE в стадии ремиссии, но все же должна использоваться с осторожностью для аллергиков.