Причины истончения эндометрия включают системные и местные факторы, при этом системные факторы вызваны эндокринными нарушениями, например, низким уровнем эстрогена.
Местные факторы связаны с повреждением эндометрия, например, при многократных абортах. Мальформации матки также могут быть причиной истончения эндометрия.