Наиболее распространенными причинами истончения эндометрия являются эндокринные нарушения, инфекции и операции на матке. Эндокринные нарушения включают низкий уровень эстрогена, нарушения овуляции и дефицит гормона роста; острые или хронические инфекции матки могут привести к разрушению базальной оболочки эндометрия, включая бактериальные инфекции, репродуктивный туберкулез, микоплазменные инфекции и хламидийные инфекции.
Клинические операции, влияющие на эндометрий, включают кюретаж, гистероскопическую миомэктомию, удаление полипов эндометрия и лапароскопическую миомэктомию через полость матки, все из которых могут повредить эндометрий и привести к истончению эндометрия и образованию спаек в полости матки.