Медикаментозный аборт является относительно безопасным видом аборта, как правило, без серьезных или угрожающих жизни матери осложнений, боль в животе относительно слабая и в основном терпимая, как правило, без повреждения эндометрия и шейки матки. Однако медикаментозный аборт не полностью свободен от неблагоприятных последствий: во-первых, показания к медикаментозному аборту ограничены, и он подходит только для ранних сроков внутриматочной беременности в течение 49 дней от зачатия; во-вторых, существует риск неполного аборта и неудачного аборта в результате медикаментозного аборта. В частности, вероятность неудачного аборта выше у женщин, которые в прошлом страдали серьезным эндометритом, или у тех, кто несколько раз подвергался операции по прерыванию беременности и операции по очистке; в-третьих, время кровотечения после аборта относительно длительное, обычно около 7-10 дней, что относительно повышает частоту инфекционных заболеваний в матке после аборта.