Когда у пациентов с бронхоэктазами появляются признаки инфекции, такие как кашель и гнойная мокрота, их часто лечат антибиотиками для борьбы с инфекцией. В легких случаях могут назначаться пероральные антибиотики, но большинству пациентов требуется внутривенное введение антибиотиков одного или двух типов, обычно хинолонов, таких как левофлоксацин или моксифлоксацин. При подозрении на грамотрицательные бациллы показано противовоспалительное лечение цефалоспорином третьего поколения, таким как цефтазидим и цефоперазон сульбактам натрия, а у некоторых пациентов — полусинтетическим пенициллином, таким как пиперациллин сульбактам. В случаях подозрения на лекарственно-устойчивую инфекцию Pseudomonas aeruginosa для лечения инфекции может также использоваться комбинация аминогликозидов, например, амикацин. При наличии анаэробных бактерий можно также использовать комбинированное противоинфекционное лечение тинидазолом или орнидазолом. Выбор антибиотиков для пациентов с бронхоэктазами обычно определяется их клиническими симптомами и результатами посева мокроты.