Инъекция натрийуретического гепарина кальция является антикоагулянтом, поэтому побочные эффекты обычно связаны с кровотечениями в различных местах, особенно у пациентов, у которых также имеются другие факторы риска в совокупности. Также может наблюдаться повышение уровня трансаминаз, обычно преходящее. Могут возникать небольшие отеки в месте инъекции, а в некоторых случаях могут наблюдаться твердые узелки, которые не вызваны гепарином и обычно исчезают через несколько дней, а также реакции в месте инъекции. Во время применения кальций-натрийуретического гепарина следует контролировать уровень тромбоцитов, чтобы предотвратить кровотечение из-за низкого уровня тромбоцитов. Не рекомендуется одновременное применение лекарственных средств, создающих риск кровотечения, таких как ацетилсалициловая кислота, нестероидные противовоспалительные препараты и тиклопидин, а также глюкокортикоидов и пациентов, принимающих пероральные антикоагулянты, которые могут создать риск кровотечения.